Βγαίνοντας από την κοιλάδα των Τεμπών ο Πηνειός ρέει για σύντομο διάστημα σε μια χαμηλή προσχωματική περιοχή, που ο ίδιος ο ποταμός έχει σχηματίσει και εκβάλλει στο Αιγαίο πέλαγος νότια του ακρωτηρίου του Πλαταμώνα και βόρεια του χωριού Στόμιο.
Στις εκβολές του ο Πηνειός σχηματίζει δέλτα, καθώς η επίδραση των κυμάτων στην περιοχή δεν ευνοεί την κατά μήκος πρόσχωση και την ανάπτυξη μεγάλου Δέλτα.
Αντίθετα τα φερτά υλικά διασκορπίζονται σχεδόν ομοιόμορφα εκατέρωθεν των εκβολών σχηματίζοντας μετωπικές επιφάνειες πρόσχωσης.
Σε περιόδους έντονων βροχοπτώσεων ο ποταμός μεταφέρει μεγάλη ποσότητα φερτών υλικών με αποτέλεσμα να προσχώσει την κοίτη και να εκτρέπεται από την αρχική του διεύθυνση.
Με τον τρόπο αυτό το σημείο των εκβολών του έχει μεταφερθεί τα τελευταία 100 χρόνια βορειότερα, απομακρυνόμενο από το χωριό Στόμιο.Η περιοχή του Δέλτα του Πηνειού, των Τεμπών και των βουνών Κάτω Όλυμπος και Όσσα αποτελεί ένα εκτενές φυσικό οικοσύστημα.
Περιλαμβάνει παραλιακά και παραποτάμια δάση, αμμώδεις θαμνότοπους και θίνες.